Après la destruction de l'entrepôt par Walter Sykes, Artie tente de faire le point. Il constate que la chambre forte de l'entrepôt est entièrement détruite. Elle contenait la boîte de pandore. Cette dernière ouverte, le chaos commence à toucher le monde entier... Le seul espoir réside en une petite montre qu'Artie a pu sauver et la détermination de Pete et Myka, nos 2 agents très spéciaux, prêts à tout pour sauver l'humanité...
Pete, toujours sous le choc du départ soudain de Myka, se voit affecter un nouveau partenaire pour l'aider dans sa recherche de mystérieux artefacts : l'agent Steve Jinks. Mais Myka restera-t-elle longtemps éloignée de l'entrepôt ?...
Pete et Myka repartent à la chasse aux artefacts... Qu'est-il arrivé à Artie ? Quels sont les plans de MacPherson ? Autant de questions auxquelles les occupants de l'Entrepôt 13 vont devoir répondre...
Après avoir sauvé la vie du Président des États-Unis, les deux agents du FBI Myka Bering et Pete Lattimer sont promus à Warehouse 13, un service qui abrite les objets surnaturels que le gouvernement a collecté à travers les siècles. Le duo a pour mission de récupérer d'éventuels nouveaux artefacts susceptibles de mettre en danger des individus, voire le monde entier...